Tuy nhiên, hoạt động đầu tư nước ngoài cũng bộc lộ một số tồn tại, hạn chế cần khắc phục để khẳng định vị trí, vai trò cũng như nâng cao hiệu quả hoạt động của mình. Đó là tình trạng chậm thực hiện chuyển giao công nghệ cho đối tác trong nước, còn thiếu nhiều đơn vị áp dụng công nghệ sản xuất hiện đại, ảnh hưởng hoặc gây ô nhiễm môi trường; từ đó gây ảnh hưởng đến đời sống và sản xuất tại một số khu vực, địa bàn. Cá biệt, có tình trạng trốn thuế, chuyển giá, gây nhức nhối dư luận, làm ảnh hưởng đến uy tín môi trường đầu tư Việt Nam. 

Để có thể ngăn chặn tình trạng chuyển giá, trốn thuế, theo các chuyên gia, Nhà nước phải hoàn thiện hành lang pháp lý về quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá. Bên cạnh đó, việc kiểm soát toàn bộ quá trình hoạt động của doanh nghiệp FDI cần sự phối hợp chặt chẽ của các cơ quan chức năng với cơ quan thuế. Để dễ dàng hơn trong quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá, Luật Quản lý thuế cần được bổ sung theo hướng tạo khung pháp lý như áp dụng cơ chế thỏa thuận giá trước đối với doanh nghiệp. Đây có thể là công cụ đắc lực hỗ trợ công tác chống chuyển giá ở Việt Nam. Theo cơ chế này, doanh nghiệp đầu tư phải chủ động đề xuất biện pháp tính giá hoặc mức giá khi thực hiện mua bán giữa các thành viên trong tập đoàn trước khi khai nộp thuế. Như vậy, cơ quan thuế sẽ dễ dàng giám sát hoạt động nộp thuế hơn. Ngoài ra, cần xây dựng chế tài xử phạt đủ mạnh, bảo đảm tính răn đe đối với các trường hợp cố tình vi phạm, nâng cao thời hạn xử lý vi phạm từ 5 đến 10 năm. 

Theo Giám đốc Trung tâm Thông tin và Dự báo Kinh tế Xã hội Mai Thị Thu, ngoài việc chúng ta thúc đẩy đầu tư nước ngoài thì các doanh nghiệp trong nước phải chuẩn bị kỹ cho hội nhập. Nâng cao năng lực của doanh nghiệp trong nước rất quan trọng, qua đó mới hấp thụ được dòng vốn đầu tư nước ngoài, gắn kết chặt chẽ, học hỏi, tận dụng cơ hội từ khu vực này.

Các doanh nghiệp FDI là những tập đoàn lớn có lợi thế về vốn, kinh nghiệm, công nghệ. Quan trọng hơn, họ có thị trường đầu ra quy mô toàn thế giới. Vì vậy, giai đoạn hiện nay, doanh nghiệp trong nước chưa đủ lực, khó cạnh tranh mà chỉ có thể cùng nhau phát triển. Các doanh nghiệp trong nước cũng không thể đi tắt mà cần có chiến lược lâu dài, có thể bắt đầu từ sản xuất gia công, từng bước chuyển sang những hình thức sản xuất cao hơn. Các doanh nghiệp trong nước cần chủ động hơn nữa trong việc tham gia sản xuất, đa dạng nguồn cung nguyên liệu nhằm tận dụng ưu đãi từ các hiệp định thương mại; đồng thời, cần có chiến lược nghiên cứu, nắm bắt thị hiếu tiêu dùng để cung cấp các sản phẩm thị trường cần, nâng cao giá trị gia tăng cho sản phẩm xuất khẩu.